系統進化学


質問と回答(6月9日):

とりあえず、質問項目を入力しました。

<NJ法について>

●近隣結合法の「距離」(枝長)とは 置換サイト数/調べた総サイト数 ですか?

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●近隣結合法において、「距離」という単語が出てきましたが、これは何のキョリなのですか?[類問3 NJ法のキョリ計算があまりよく分かりませんでした。 近隣結合法あたりがよく分からなかったです。 距離とかが少し分かりません。]

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●近隣結合法で、系統樹の枝長の和を計算する、とありましたが、枝長は何によって決まるのですか。

└◇

●NJ法で、キョリってのは、あらかじめ計算で求められているのですよね? そうすると、なぜCで最枝長が最小のものを選ぶのですか? キョリの最も合うトポロジーを選べばいいような気がしました。

└◇

●枝長の和を計算するというのがあったが、枝長というのはどのように求めればいいのか分からなかった。

└◇

●近隣結合法において、距離がなぜ時間に比例しないといけないのか分かりませんでした。

└◇

●近隣結合法で求めた系統樹はいきなり有根になるのではないだろうか。それならば本当に効率がいい方法だと思う。

└◇

●近隣結合法は残り2種になるまで@〜Cの作業を繰り返すんですか?

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●近隣結合法はコンピュータで計算すると聞きましたが、実際には、どういった計算をしているのかよくわかりませんでした。

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●今回の講義は内容も重要でしたが、非常によく理解できましたが…NJ法だけ、方法論は理解できたのですが、Box14.1のデータの見方、系統樹の特定の仕方が少々分かりませんでした。NJ法が一番精度の良い方法なのですか?

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<最節約法>

●最節約法における「重み」というのがよくわからない。重みをつけるとどうなるのか?なぜ、重みというのか? [類問2 最節約法で、「重み」をつけるとは具体的にどうするのですか? 最節約法での「重み」の具体性がよく理解できなかった。]

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<最尤法>

●最尤法で尤度を計算して比べてだいたいどれくらいの違いがあったらより適した系統樹を選ぶことができるんですか。

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●推移確率 (尤度) とは予め決まっているのですか?それとも何か計算式で出すのですか?

└◇

<ブーツストラップ>

●ブートストラップ法が良く分からない。[類問4 ブートストラップ法がイマイチ分からなかった。・ブートストラップ法をもう少し詳しく教えて下さい。できれば具体的に(1万回もしなくていいですけど…)・ブートストラップ法が良く分かりませんでした。何か例を挙げて実際にやるのは難しいでしょうか?・やっぱりブートストラップ法がいまいち分かりませんでした。]

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●ブートストラップ法において、サイトをランダムに選ぶことがどういう意味を持つのか分かりませんでした。[類問2 ブートストラップ法では各サイトをランダムに選んで、新しい塩基配列を作っているが、塩基の並びをぐちゃぐちゃにする有用性がわかりません。・ブートストラップ法で、ランダムにサイトをえらんで重複したり、しなかったりするのに、なんでそれらを比較していいんですか?]

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●サイトとは縦の列のことですよね? それを「新しいデータセットに並べる」という言葉の意味が分かりません。それを1万回やって何が出てくるのですか? [類問1 ブートストラップ法でサイトって何ですか?頭の中で整理できません。あと1サイトってどれくらいですか?]

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●ブートストラップ法を何回くりかえすかの基準はあるのですか。またどのくらいの値になれば信頼できるのですか。

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●ブートストラップ法によって信頼性評価ができる理由がいまいちわからなかった。[類問1 ブートストラップ法による信頼性の評価がよく分からなかった。]

└◇

<その他>

●さまざまな補正って例えば何があるのですか?

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●「サイト」とは塩基のことですか?

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●rootの決め方が理解できなかった。

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●外群を決めるのにはある一定の基準があるのですか。

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●有根樹はなぜ、4種→12つのトポロジーではないのでしょうか。

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●synapomorphyの意味が分かりません。

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●最節約法と最尤法と近隣結合法の3つそれぞれを使って、同じものを調べたら全く同じデータが出るんですか?

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●距離を求めるときの、補正はどうやって行うんですか?

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●何らかの方法で導き出した系統樹が、「絶対実際の進化と同じ」と判断することはできるのですか?

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●結局どの方法(系統樹の作り方)でも、出た結果が正しいかどうか(進化の進み方が本当にそうなのか)はわからないままなんですか。 進化の過程が推定ではなく決まるときはあるんですか。

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●大まかな分類というのは形質によってされているように思うのですが(偶蹄類など)塩基配列を使うのは、どのあたりからでしょうか。 それとも、形質はあまり重要でなく、塩基配列によってすべての系統や分類をするのでしょうか。

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●なぜNJ法がかんたんに計算できるのですか? またどうしてstar phylogenyからはじめるのですか?[絵つき]←この様な有根樹でも2種をくみにすることができると思いますが…。

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●[絵つき]NJ法について。距離を 置換サイト数/調べたサイト数 とし、時間を横軸にとってグラフにすると右図の様になるのは、グラフが1に収束するからではないのですか?確かに、すでに置換の起きたサイトがもう一度置換を起こす確率も増えていきますが。

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●最尤法について。[絵つき] 尤度=θAC(θGCθAT)2θTGθAC ここで、「GC, AT」の推移確率はなぜ2乗となるのでしょうか。  距離行列の計算について、なぜ時間とともに比することが望ましいのでしょうか。[絵つき]

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<要望・感想>

●どこまで理解するべきですか。どういった方法があるのか、でいいのか、それとも自分で計算できるようにならなくちゃいけないんですか。

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●具体的な計算も入れてくれると助かります。実際どういった場面で用いるのかがわかりません。

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●教科書を買ったのですが、一単元が多すぎて、全てを毎回読めないので、絶対に読んでおいた方がよい所、読むべき重要なところを教えて下さい。ページ数でいいです。

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●今回の講義は内容も重要でしたが、非常によく理解できましたが…

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●Bootstrap法と、NJ法の数値例などがなかったのでよく分かりませんでした。概要はつかめましたが、それをどう活かすのでしょうか。 余談ですが、私は今先端の複雑系経済学という分野に生物学の各手法、理論を(特に進化学が取り込みやすい)結合させるために受けてますので、より実用性があるものを学びたいです。

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●近隣結合法は枝長からそれぞれの種がどの程度近縁なのか分かる点でうまい方法だと思いました。

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●今日は系統樹の考え方が大まかですけどわかりました。いろんな計算の上に成り立っていると思いました。そうなると、生物学者は行列や統計学といった数学の力も必要であると思いました。数学は苦手ですけれどもがんばります。

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●最尤法や最節約法について分かりやすかったし、授業も聞いていてとてもおもしろかった。  具体例が多く分かりやすかったです。

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●講義の内容は何となくわかった気がします。理解できるようにがんばろうと思います。

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